Le monde de Marvel est dans le chaos après l'explosion du CUMIC CUBE, et le jeu suit cet événement chaotique lorsque les joueurs essaient de sauver l'univers. Dans le RPG basé sur une carte, le joueur recueille des cartes qui représentent les héros et les méchants de l'univers Marvel. Ils utilisent ces cartes pour créer la terrasse parfaite, puis prendre des adversaires en ligne ou dans le mode de campagne de jeux. Alors que les joueurs se battent, ils sont mis au défi de gagner le match, et plus ils sont puissants, plus ils deviennent puissants.
Dans Marvel Battle Lines, le jeu vous permet de prendre le rôle de vos héros Marvel préférés et vous pouvez contrôler le champ de bataille pendant que vous essayez de détruire vos adversaires. Comme vous jouez, vous pouvez défier les joueurs du monde entier d'être le meilleur héros! Vous pouvez choisir un champ de bataille depuis la carte ou choisir votre héros, puis choisir l'un des quatre caractères. Vous pouvez jouer avec autant de caractères que vous le souhaitez et que le jeu vous permet de rivaliser avec d'autres joueurs dans des modes multijoueurs et en ligne.
Contrairement à de nombreux autres jeux, Marvel Battle Lines a un mécanicien de jeu unique. Le joueur doit placer de manière stratégique des cartes pour vaincre l'ennemi, atteignant la victoire en détruisant les unités ennemies d'une série d'ondes. L'objectif du jeu est de détruire le plus grand nombre de vos adversaires que possible. Ce n'est pas un jeu de carte ordinaire. Le joueur doit mettre en place une stratégie pour vaincre chaque adversaire. En utilisant un mouvement spécialisé, le capitaine Marvel peut infliger instantanément des coups mortels sur ses ennemis.